En plus de compter sur l’appui de la Fondation Mirella et Lino Saputo et la Fondation McConnell pour ses activités de recherche et de développement, la MIS peut compter sur l’appui de son comité de partenaires, une instance de gouvernance qui lui est propre et qui vise à enrichir sa vision stratégique tout en favorisant l’échange et la collaboration de ses membres autour de projets d’innovation sociale porteurs à l’échelle du Québec. Outre des représentants de ses principaux bailleurs de fonds comme membres de ce comité, on compte aussi le CIRODD (Centre interdisciplinaire de recherche en opérationnalisation du développement durable), le CRIEM (Centre de recherches interdisciplinaires en études montréalaises), l’Esplanade, HEC Montréal et l’Université Concordia.
La MIS compte également sur de nombreux partenaires d’affaires qui s’investissent dans une diversité de projets d’innovation sociale. Ces derniers sont mentionnés au sein des pages dédiées aux programmes ou aux projets d’innovations sociales qu’ils soutiennent.